【読者投稿】PCRは本当に大変!地方衛生研に感謝を

コロナウィルス騒動に伴い、さまざまな報道が過熱しています。こうしたなか、当ウェブサイトではこれまで専門家の方々による助けもいただき、現役の医師、理系研究者、工学研究者などの方々からの論考を掲載して来ました。こうした状況もあり、複数の方々からコロナウィルスに関する読者投稿を頂いているのですが、『ウィルス騒動と当ウェブサイト読者投稿の「流れ」』で説明したとおり、これらの掲載が遅れています。こうしたなか、本日はまず、「ケロお」様という読者の方による、かなり突っ込んだ論考を掲載させていただきたいと思います。(ちなみに本稿はこれまでの当ウェブサイトの記事のなかで最長文の論考のひとつです。読むのに時間が掛かると思いますのであらかじめご了承ください。)

コロナ読者投稿シリーズ

お知らせ:読者投稿を常設化します』でもお知らせしたとおり、当ウェブサイトでは昨年以来、「読者の皆さまからの記事投稿窓口」を常設化しており、読者投稿を歓迎しております(投稿要領につきましては『必ずご確認ください(2019/12/16日版)』などをご参照ください)。

ところで、最近、この『読者投稿』シリーズが大変に充実しています。過去の読者投稿一覧を確認すると、今年の投稿は大人気シリーズ『在韓日本人が見た韓国』などを含めて11本に達しているのですが、このうち6本が、現役の医師、理系研究者、工学研究者の方々による解説記事です。

このうち①、②、⑥が「りょうちん」様という現役のお医者様、③と④が「ケロお」様という理系研究者、⑤が「イーシャ」様という工学研究者のご投稿であり、いずれも客観的事実をもとに積み上げた非常に良質な論考です。

もっとも、『ウィルス騒動と当ウェブサイト読者投稿の「流れ」』でも説明したとおり、現在、複数の方々から読者投稿を頂戴しており、採用の可否の判断などに時間が掛かってしまっています。このため、特に数日前に当ウェブサイトにご投稿いただいた方々には、ご心配をおかけしています。

ただ、あまりいつまでも時間を掛けているわけにはいきません。本稿ではとり急ぎ、ケロお様が執筆して下さった、③④の続編を掲載したいと思います。タイトル案は『【読者投稿】理系研究者の考察「nCoV PCR検査」』でしたが、本稿ではタイトルを変更しています。

(ここから先がケロお様の投稿本文です。なお、基本的に当ウェブサイトは「ブログ」ではなく「ウェブ評論サイト」と名乗っているものの、さほどこだわりがあるわけではありませんので、いただいた投稿に含まれていた「ブログ」という用語についてはそのまま用いています。)

PCRの実際

はじめに

新宿会計士様のブログでは、その名の通り経済と政治関係の話題がメインですが、最近はいわゆる「新型コロナウイルス」に関する話題が注目を集めております。

読者投稿では、医師の「りょうちん」様、理系(生物工学・微生物学・防疫)研究者のはしくれでありますワタクシ「ケロお」に加え、情報・電子工学研究者「イーシャ」様(「イーシャ」様が医者であると勘違いしていたときがありました)で、合計6投稿となってます。

コメント欄も賛否それぞれあり、非常に議論が盛り上がっています。中には「?」という感じの人もいますが、SNS、ヤフコメ、2chなどと比べるまでもない有意義な場となっています。とくに医師の「とある福岡市民」様(※)からは、「りょうちん」様とともに、医療現場の状況や医学的見地からのコメントがいただけております。

(※新宿会計士注:後述するとおり、この「とある福岡市民」と名乗るコメント主様からも読者投稿を頂戴しているのですが、できるだけ早いタイミングで紹介したいと思います。)

今回は、これらのコメントなどでも話題になっていた、SARS-CoV-2感染の確定診断に用いられているPCR法に関する話題を提供させていただきます。

私はまた、おわびをしなければいけません。

「事実・データに基づく議論」がこちらのブログの鉄の掟であるにもかかわらず、「1日あたりのPCRはいくつできるか?」という疑問に対し、

PCRだけなら96か192くらいは1人1日でできるだろう

機器が古ければ処理能力は下がるのはしょうがない

他県の分まで回されるのを危惧して各県は検査上限数よりは少なめの数字を国に言っているかも

などと、推測・憶測に基づく無責任なコメントをしてしまっておりました。

今回の投稿では、国立感染症研究所(以下、感染研)が各県の衛生保険研究所(名称は各県ごとに異なります、以下、地方衛生研)向けに公開している、検体処理方法およびPCRプロトコールの内容を紹介しようと思います。

大本営発表といままでの議論

さて、PCR検査が可能な件数を巡っては、ニューズウィーク日本版に2月19日に掲載された記事では、厚労省は「3000件以上の検査能力は確保している」と認識している一方、核検査機関、大学病院での検査がどの程度可能かについては「じつは聞いてもよくわからない」のだそうです。

新型ウイルスPCR検査「1日3000人可能」 厚労省発表に検査機関から疑問の声(2020年2月19日(水)18時35分付 ニューズウィーク日本版より)

ということで、PCRの実施可能件数は、あくまで目安に過ぎないと考えられます。わたし自身、厚労省から県(県内では県庁担当部署から地方衛生研)へ何件できるかヒヤリングをし、その数字を積み上げていると予想していたのですが、これもあながち憶測とはいえなそうです(よかった…)。

りょうちん様の『【読者投稿】行政の観点から考察するウィルス騒動』では、1人あたりPCR実施可能数から考えると国内検査可能件数が少なすぎるように見えるのは、試薬の供給量が少ないせいなのではという推測がされていましたが、これはわたしの冒頭に書いた説とは異なります。

しかし、結論的にはどちらも不正解でした(反省)。

ちなみに、地方衛生研の数は全国で83箇所(※)。先ほどのニューズウィークに掲載されていた厚労相の発言によりますと、地方衛生研での実施可能件数は1800件。単純に割り算すると、地方衛生研では平均わずか22件しか実施できない計算になります。実際、少ないようには感じます。

(※)感染研ウェブサイトによると、地方衛生研は北海道東北地区12、関東甲信静地区26、東海北陸地区8、近畿地区14、中国四国地区11、九州地区12で、合計83箇所です。

繰り返しになりますが「事実・データに基づく議論」が大事ということで、もう、自分が実際にやるつもりになって、プロトコールを確認して、実際に何件できるか考察しようと思います。

PCRにかかる時間に対する認識のズレ

感染研では、地方衛生研などがSARS-CoV-2のPCR検査を実施するためのマニュアルが公開されています。ウイルス名が正式決定する前からあるマニュアルを改定し続けてるので「2019-nCoV」となってます。今回はマニュアルにしたがって「nCoV」と呼びます。

病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.6(令和2年2月17日)

通常のPCR実験の流れは、

  • 1.検査対象サンプルの準備
  • 2.サンプルからのDNAまたはRNAの抽出・精製(今回はRNAウイルスなのでRNA)
  • 3.(RNAの場合は)RNAをDNAにする反応(逆転写反応、Reverse Transcription reaction、以下RT反応)
  • 4.DNAの増幅(Polymerase Chine Reaction 、以下PCR)
  • 5.増幅DNAの確認(電気泳動および染色)

です。

ちなみにリアルタイムPCRでは4と5が一緒にできます。リアルタイムPCRの機械についているモニターで、PCR中に実際に増幅されているDNA量をモニターできるようになっているのが「リアルタイム」と呼ばれる所以です。

ということで、単に「PCR」といったとき、4だけ(または4と5だけ)を指すのか、1から5を指すのかという問題が生じます。研究者に「PCRでどのくらいの時間かかるの?」って聞いたら、4だけ、または4と5だけの時間を尋ねているのと同じです。

そうなると「4、5時間くらい」って答えますが、当たり前です。質問の意味どおりの答えだからです。

さらに、テレビで撮影スタッフが、PCRの機械の指差して「これはどのくらいの時間がかかるのですか?」と聞くシーンがあります。そういう聞かれ方しちゃうと、PCRの試薬を混ぜる時間とか抜いて、PCRの機械にかけている時間だけを答えることになって、「2、3時間くらい」と答てしまうことになります。

もし正しく「PCR検査全体でどのくらいの時間かかるの?」と聞かれれば、

サンプルによって変わる。サンプル調製を省いて、検査サンプル液からダイレクトにPCRやればかなり短時間だし、逆に下処理が面倒なサンプルだと数時間余命にかかるし、RT-PCRだったらRT-反応の分だけ1時間くらい余計にかかる。なので半日から1日は必要

という答え方になります。

感染注意!RNA抽出

では、nCoVの場合は実際どうなのでしょうか

「1.検体の採取と保存」はとりあえずあと回しにして、「2.RNAの抽出」については、市販のキットを用いるよう指示されています。時間は多分30分くらいあればいいかと思います。サンプル数が多ければ1時間くらいは必要ですが、この時間はマスコミや政治家のいう「PCR時間」には含まれないことが多いです。

操作としては、スピンカラムを使う方法なので難しくはないです。サンプルを抽出溶液と混ぜて、10分おいて、エタノールを加えて混ぜて遠心して、何度かに分けてスピンカラムを通して、2種類の添付洗浄液でカラム洗浄して、最後に添付溶出液でRNAを回収します。

ただし、必要な設備はバイオセーフティーレベル2(BSL2)ですが、これは赤痢、コレラ、ボツリヌス、デング熱、日本脳炎、季節性インフルなどと同等です。当然ですがヒト感染性病原体を扱える施設でなければいけないのです。

具体的にはセーフティキャビネットという、陰圧にして外部に病原体が漏れない様になっている専用の実験台が必要です。それと個人防護具(PPE)として、マスクと使い捨て手袋が必須です。医療施設のスタッフと同様に、感染の危険性のある最前線の一部です。

実験って実は意外と飛沫が発生するし、セーフティキャビネット使ってても、遠心かけたりするときにはそこから出さざるを得ないし、しっかりと訓練されてないと、無意識に汚染手袋でそこらへん触りまくって、手袋外したあとに汚染場所を触る。

「PCRくらい簡単にできるだろ」などと無責任に言う人、あんたなら確実に感染するからな。感染するからな。

自分がやるのをイメージすると、このステップはそこそこ恐怖を感じます。恐怖をイメージできない人は、何が怖いのかよくわからないうちに、かなり高い確率で感染します。感染した挙げ句、RNAは分解されてなくなってしまいます。

なお、RNAの抽出について、前出のマニュアルを読むと、

広く使用されている QIAamp Viral RNA Mini Kit を用いた方法を示すが、他のウイルスRNA 抽出キットを用いてもよい。

とあります。

この書き方ですと、RNA抽出キットは自分のとこで用意しなさいという意味です。なぜなら、もしキットを配布するなら、マニュアルには配布したキットの使用法だけが書かれるはずだからです。

ちなみに50回用が33,000円、250回用が140,000円。年度末なので、14万円のは買えない。もう予算、ほぼ使い切ってるところが多いです。50回以上やりそうな場合困りますね。

RNAをDNAにします

続いて、「3.RT反応」にいきます。

マニュアル3ページ目以降の「3.1 必要な器具と試薬」でもオススメを書いてあるのですが、いわば「他のでもいいよ」、つまり、「自分たちで用意しろ」ということです。

オススメの「SuperScript IV Reverse Transcriptase」は、2000ユニットで13,000円です。1マイクロリットルで200ユニットということは10回分。地味にお金がかかります。年度末のキャンペーン対象だといいんですが。

余談ですが、「年度末!新型コロナウイルス検出キャンペーン!」なんてキャンペーン、やったらやったで怒る人いるんでしょうね、「不謹慎だ」とかなんとか。

実験に戻ります。

「3.2 1st strand cDNA の合成」です。抽出したRNAと試薬を混ぜて、各温度で合計30分置きますと、DNAになります。試薬を混ぜるところも含めて1時間程度は必要です。サンプル数が多い場合はさらに30分くらい余計に必要です。

いよいよPCRです

DNAができましたので、いよいよPCRです。

ここで重大な事実が発覚です。察しのいい人はすでにお気づきでしょうが、対象とする遺伝子が2種類あります。しかも2段階(Nested、入れ子)PCRです。

2種類の遺伝子に対して、それぞれ2回PCRします。1サンプルで4回分のPCRです。2遺伝子なのはいいんですよ、並行してやれますから。Nested PCRはPCRしたあと、そのPCR産物に対してさらにPCRをするので、2回分の時間がかかります。雲行きが怪しくなってまいりました。

時間は、いい機械なら速いですが古い機械なら遅いです。PCR1回で2時間から2時間半くらい、Nestedなので2倍の4時間から5時間。試薬を混ぜる時間を考えると1時間プラス。PCR数は4倍ですからサンプル数が多ければ下手をすると2時間くらい必要です。

結局このステップで5~6時間くらいです。

お金の計算してませんでしたね。オススメは「Quick Taq HS Dymix」で、類似品も可。

はいはい、自分のとこで買いますよ。

HSということは、ホットスタート(Hot Start)です。非特異反応が少なくなるように95度くらいに加熱されてから活性化する酵素です。試薬を混ぜているときに余計な反応が起こらないという優れものです。しかもDymix(色素入り)なので、次項の泳動のときに色素添加をしなくていいという時短アイテムです。

気になるお値段は、100回分で、定価9,800円、キャンペーン価格5,880円!安い!

さて、ここまでの1サンプルあたりのお値段計算しますか。

33000÷25+13000÷10+5880÷100×4=1320+1300+235.2≒2855円

PCR試薬はキャンペーンじゃなくても安いのですが、RNA精製キットとRT試薬はちょっとお高いのですよ。

結局1日いくつできるのか?

このあとは、電気泳動します。

アガロースという寒天のようなモノ(というか寒天を原料にDNA実験用に高純度に精製された試薬)を融かして固めたアガロースゲルを使います。

DNAをアガロースゲルに開けた穴(ウエル、溝)に入れて、電気を流すと、アガロースゲルの中をDNAが移動します。小さいDNAほど速く、大きいほど遅く移動しますので、大きさごとに分離されます。

DNAを染色する試薬につけ込み、紫外線を当てると光りますので、写真撮影します。すると、マニュアル7ページの参考泳動図(図表1)のようになります。

図表1 参考泳動図

(【出所】『病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.6』P7)

泳動は30分くらいですが、ウエルにPCR産物を流すのと染色の時間がかかりますので、結局、この過程で1時間程度必要であり。サンプルが多ければもっとかかります。

一度にできる数がPCRだと96なのに対して、泳動は24とか48なので、電気泳動装置をたくさん並べてやらないといけないのですが、あまりたくさん同時並行でやりすぎるとわけわからないことになります。4機くらいにとどめるべきです(自戒)。

196サンプル(PCRの機械2台分)を一気にやろうとするとヤバいことになります。午前と午後にわけてやるべきでしょう。Nested PCRなので2回目のPCRをやっている待ち時間で、1回目のPCRの泳動をやることになりますね。

リアルタイムPCRなら泳動しないですが、2回PCRやることに変わりはありません。1ランで2時間程度、試薬を混ぜる時間を考えると3時間です。ちなみに機械が高いです。リアルタイム用試薬も高いです。計算は省きます。

タックマンプローブを配布しているかどうか。配布してるよね、頼むよ感染研、1本6万、2本で12万です。私の戦闘力は53万です。あああ…(絶望)

気をとりなおして、1日で仮にPCRは196できても、ウイルスサンプルとしては48サンプル相当しかできません。しかも、その前にRNA精製とRTがあるので、24か32ウイルスサンプルできれば、ある程度の熟練者といえます。

職場の後輩に聞いてみたら、RNA取るとこからなら1日8か16個までだということです。慣れてないとそんなものです。やりもしないで、もっとできるとか言うより謙虚でよろしい。まあ、衛生研ならPCRはガンガンやってるのでウイルスサンプルで48いけるかもしれません。もっといけても96あたりで限界でしょう。

配列決定と費用

じつは、まだ、やることがあります。

マニュアルの3ページに戻りますと、判定フローという図があります(図表2)。

図表2 判定フロー

(【出所】『病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.6』P3)

1例目は「シークエンス解析しなさい」ということですが、この「シークエンス」とは、「遺伝子塩基配列決定」のことです。

「3.5. (シークエンス解析を行う場合)PCR 産物のクリーンアップ」、「3.6. (シークエンス解析を行う場合)シークエンス解析」の詳細はザックリいきましょう。PCR産物を精製して、サイクルシークエンス反応という、操作的にはPCR反応のようなことをやります。

つまり、PCRをもう一回追加です。1日じゃ無理です。合計2日かかりますね。

お金ももっとかかります。シークエンサーという機械がない場合は、外注に出します。両側から読んで5000円程度、4つあるので2万円です。これはキツイ。

8サンプルとかだとPCRまでで2万円ちょっと、シークエンスで16万。まあ、シークエンスは1回限りで勘弁してもらったとしても、合計4万円。24ウイルスサンプルで7万円、シークエンス1回も加えて9万円です。

結局、配布される試薬は、プライマーだけっぽいです。プライマーだけはどんなグレードにしろとか指示がないですし、プライマー名が具体的に書かれているのでコレが「配布試薬」で決まりでしょう。

プライマーなんて、1本1000円か2000円で作れる。12種類でたった2万円。1回作ると5000回から10000回くらいPCRできるから、1回あたりで1円未満。ほぼタダ。

配って欲しいものが違いますね、カネがかかるものを配布してほしいんですよ。予算措置無いと、そもそも実施不可能かもれない。大丈夫なんだろうな、そこらへん。

話は変わりますが、PCRを発明したキャリー・マリスという人は、その業績でノーベル化学賞を受賞していますが、なんといいますか、ちょっとアレな人なので、業績は素晴らしいのですが、ノーベル賞は受賞できないのではないかと本人を含め皆が思っていたそうです。

一方、DNAシークエンスは、発明者のフレデリック・サンガーの名を冠して「サンガー法」と呼ばれています。もちろんノーベル化学賞です。サンガー法とPCRを組み合わせた「サイクルシークエンス法」によって、DNA配列決定は飛躍的に効率化しました。

サイクルシークエンスなしに現在の生物学の発展はありえません。サンガー氏は、DNAシークエンス法発明前にも、タンパク質の配列決定法でノーベル化学賞を受賞しており、さらにRNAシーケンス法まで発明して、3度目のノーベル賞は確実視されていましたが、2013年に95歳で亡くなりました。

奇才マリス氏と天才サンガー氏の業績の上になりたつサイクルシークエンス法はいろいろな意味で奇跡のコラボレーションです。

感染疑い者1人に対するサンプル数

さて、最初の方でペンディングした「1.検体の採取と保存」を見てみますか。嫌な予感はずっとしてたんですが。

2019-nCoV (新型コロナウイルス)感染を疑う患者の検体採取・輸送マニュアル

はい、予想どおり。

感染疑い者1人で、咽頭拭い液と下気道由来検体の最低2サンプルです。痰が取れない人は咽頭拭いだけの1サンプルですが、肺炎まで行っていれば2サンプル確定です。さらに、血清、便、尿、全血とオプションも豊富です。つまり、感染疑い人数×2くらいのウイルスサンプル数になります。

そして、陽性にしろ陰性にしろ、複数回検査しているので、さらに2~3倍です。陰性確認だって1回陰性が出たあと、2週間とか一定期間おいたあとさらに陰性になってやっと潔白証明、無罪放免です。感染確認者は3回以上実施していることでしょう。

マスコミと政治家のいう検査可能数は検査人数だとしたら、ウイルスサンプルは2~3サンプル×2~3回で4~9倍、PCR数はさらに4~5倍ですよ。被検査人数×20~30がPCR数ということになります。

はい、「PCRくらいもっとできるだろ」とか言っていた皆さん、わたしと一緒に謝りましょう。

あなたの県の地方衛生研の方角に向かってごめんなさいって言ってください。みなさんの想像の数10倍のPCR数こなしてますよ。

りょうちん様の投稿にあったように、法的位置づけでは地方自治体が独自に設置してるだけの地方衛生研です。そもそも、他県の衛生研のことに文句言うコト自体、ちょっとアレです。そもそも、この問題、国で対応するのがスジです。

それを県民のために各県がほぼ100%(配布されていると思われるプライマーですが、単価はPCR1回あたり1円未満なのでゼロとみなしていいでしょう)現状では自腹です。ボランティア同然です。ごめんなさいしましょう。

地方研究所の受難

地方衛生研では、通常業務で診断業務をおこなっています。

県や市町村ルートからだけ受託を受ける場合と、有料で受託していることもあるようです。有料の場合、お品書きがないなくてもたいてい松竹梅の3コース、一番安い梅はかんたんな診断で数千円。真ん中の竹は1~2万程度、PCRとかやるとこのお値段です。

最高級の松は、面倒くさい手間のかかる診断で、5万とか時価とか結構お高いです(全然法外な値段ではないのはもう説明いりませんね、原価割れしないようにしているだけです)。しかも、公設機関ですので民業圧迫はご法度、積極的に営業するわけにもいかず、さらに超サービス料金です。

こんにちわ!食中毒とか発生してませんか?1検体ン万円で、10人以上なら団体割引しますよ!いまならキャンペーン中で、ノロウイルスなら30%オフです!え?20人?毎度ありです!

とかやるわけにはいかないですからねえ。試薬などの原価プラス雀の涙だけで名目上「検査手数料」とかいう感じです。

ランク分けは各衛生研で違うと思いますが、nCoVは文句なしの松でしょう。ホントは、1検体で何万円ももらってやる仕事ですよ。それを数十人分(感染確認1人出れば濃厚接触者10数人は当たり前)もやるはめになっているのです。

法的には100%国費から出るはずですが、そこらへんキチンと予算配分されているのか。最終的に最低限の実費は出るのでしょうが、たぶん来年度になってからの支給でしょう。年度末に大変なことですよ。

地方衛生研をはじめとするPCR検査現場は、医療現場、検疫現場とならぶ、感染リスクの高い「もう一つの現場」です。後方支援のように見えますが、縁の下の見えない最前線です。公開されている事実を確認せずにむやみに批判するのは良くないです。

普段から地方衛生研の扱いが酷いことについては、国に対して批判するも当然でしょう。

しかし、厚生省の怠慢でPCR検査可能数が少なかったわけではありません。民間委託が後手に回ったのは、予算上の問題もあると思われます。実費でも結構な額なのに、民間検査会社には利益がでるような価格で何倍も割高で委託する必要があります。

感染疑い1人分の検査で数10万請求されても納得です。商売でやっているのだから当然です。

なんでたった1500件程度しかPCRできないんだ

などという批判は、マスコミの無知によりPCR反応数と感染疑い者検査人数を混同していたことによるミスリードと、プロトコールを見ればすぐに分かるのに確認をおこたった個々人の怠慢によるものです。地方衛生研は想像の何倍も件数をこなしていることは明白です。

もう一度いいます。謝って!あなたの県の地方衛生研にごめんなさいって言って!

それと、検査方法なんて公設研究機関で開発する必要ないなんて言って感染研を批判する人もいるけど、民間開発キット使って検査すると、検査キットの価格自体が何倍も割高になるんですよ。公設試で実施しても民間に利益がでるような値段設定なのですから。

さらに、その費用は、国家予算つまり元をたどれば税金です。勝手な事言うなよ。コスト感覚ゼロ、実験センスゼロ、論外ですよ。しかも、たいてい精度も感度もクソオブクソ。たいてい売上悪くて数年で生産中止です。誰でもできるくらい普及しきった枯れ枯れな手法になってから、ようやくキットも使い物になる。

値段も安くなって初めて「出来合いのキットでもいいか」ってなるのです。感染研のこのリアルタイムのプロトコールはちょっとすごいですよ、7コピーとか2コピーの検出感度ってやりすぎです。

普通、安定するのは10コピーくらいからですから。PCRは感度が悪いみたいなこと言ってるは、自分は馬鹿ですっていってるのも同然ですよ。

検査は会議室で実施してるんじゃない!実験室でやってるんだ!

けっこう手間かかるんですよ、あと、お金も、時間も。<了>

読後感

…。

いかがでしょうか。

ケロお様からは論考を頂戴していたにも関わらず、当ウェブサイトに掲載するのがかなり遅れたことを、深くおわび申し上げたいと思います(この点については後述します)。

PCRはりょうちん様の論考『【読者投稿】行政の観点から考察するウィルス騒動』でも触れられていた手法なので、記憶にあるという方も多いでしょう。

ただ、まさか国立感染症研究所が公表している専門家向けのマニュアルを直接読み込んで、ここまでのレベルの解説をしてくださる方が出現するとは、正直、思っていませんでした。

そして、一番大事な「カネの話」については、じつは当ウェブサイトの守備範囲でもあります。

りょうちん様は次の3つのリンクを紹介したうえで、現状、地方衛生研究所に明確な法的位置づけがないという現状を紹介されているのですが、正直、当ウェブサイトでこれまでしつこく述べて来た「財務省による緊縮財政の犠牲者」に見えてならないのです。

消費税などの増税で日本経済をぶっ壊そうとしているだけでなく、必要な支出を絞り、公衆衛生をないがしろにする財政再建原理主義を掲げる財務省は、もはや私たち国民の敵です。コロナウィルス騒動も「カネ」の面から見れば、日本が置かれている深刻な現状を浮き彫りにしているといえるのです。

いずれにせよ、ケロお様、大変な力作を賜り、本当にありがとうございました。

※ ※ ※ ※ ※ ※ ※

なお、お断りと予告です。

数日前より複数の方からコロナウィルスに関する秀逸な論考を頂戴しているのですが、これらのすべてを掲載することは、残念ながら難しそうです。ただ、その一方で、どうしても掲載したい論考もあります。

本日はやっとケロお様の論考を掲載させていただいたのですが、できれば明日、「とある福岡市民」様というコメント主様から数日前に頂戴している論考を掲載させていただきたいと思います(とある福岡市民様、掲載が遅れておりますことをお詫び申し上げます)。

読者コメント一覧

  1. ちかの より:

    ケロお様
    スゴい…!まだ全部理解できた訳ではありませんが、圧倒されました。
    地方衛生研究所へ検査を委託拡大するというのを聞いて、ぼんやりと予算手当なんか無いんだろうになー?と疑問に感じていたのですが、やっぱり今のところボランティア状態なんですね…。
    「感染するからな。感染するからな」www
    ケロおさんの心の叫びのような?
    じっくり再読させていただきます。

  2. カズ より:

    後方支援にとらえられがちな検査の現場が「医療施設のスタッフと同様に、感染の危険性のある最前線の一部」なのだと言うことは良く理解できました。

    感染の危険に晒されながらも全力で国民の期待に応えてくれている現場スタッフに感謝です。
    現場の実情を得ないままでの批判は慎むべきですね。

    そして「君ならできる!!」とばかりに丸腰で最前線に送り込まれる「各県の衛生保険研究所」が不憫です。

    緊急時に確保が望まれるのは「速やかな安全」です。国としても「そのためのヒト・モノ・カネ」は惜しげなく支援して欲しいと思います。

  3. ボーンズ より:

    ケロお 様
    分析系なので、前処理が多いとは予想しておりましたが、ここまで面倒だとは…現場の方には頭が上がりません。
    手順と手間が多いとコンタミ発生のリスクも高くなるので、作業する衛生研の方々のストレスも相当なものかと。

    1. ケロお より:

      ボーンズさま

      本稿では割愛した「痰サンプルの前処理」があるのですが(マニュアルの最後にしれっと載せてありました)、さらに、くっそめんどくさいです。
      つまり、この前にまだ前処理が必要なサンプルもあるという…

      1. ボーンズ より:

        ケロお 様
        PCRに掛けるタイミングは、事件で検察がガサ入れするのと似たようなものですね。
        更にサンプルについても取扱い猛注意(輸送を引き受けてくれる業者も少ない?)ですし。

  4. クロワッサン より:

    更新ありがとうございます!

    とても読み応えのある内容でしたが、面白かったです。

    軍隊や警察や消防などと同じく、いつでも稼働するよう整備しつつも稼働しないのが最善だって事柄に対する財政上の制約って現場にしてみたら「分かるけど不満がどうしても・・・」って奴なのだろうなぁって思います。

    1. ボーンズ より:

      クロワッサン 様
      出番は少ないけど重要度が高い役割って、財務から見たら面倒な代物ですね。
      (ストックしても価値が増えない所も)
      即応性を考えて予備資材(ローリングストックも一つの手ではあるが、有効期限が短い物は厳しい)及び予備費を積み上げるしかない。

  5. ケロお より:

    掲載ありがとうございます。
    現在、多数の感染確認者が出てますが、その影にはより多数の検査陰性者がいます。陰性でも数日後2回目の検査があることも。一度に10人とか感染確認者が出たとき、
    「今まで検査してなかっただけだろ」
    などと思う人もかもしれませんが、陰性だった濃厚接触者とかも一緒にやってて、さらにシークエストもやってることもあるからね。そうしてる間に、新たにわかった接触者も検査対象になったりすれば、ね?いっぺんにたくさんやることになるんですよ?陽性だっていっぺんに何人も出まよ。

  6. ケロお より:

    「ごめんなさいしてね」は、「PCRくらいすぐできるだろ!」的な人ね。
    「もう少したくさんできんかな〜」と思いつつ「まあ、実際は大変なんだよな、よくわかんないけど」という人は、「お疲れさまです」って、しましょう。

    私は「ごめんなさい」するほうでした。

  7. 七味 より:

    いろいろ大変な手順を踏んで検査ができるのですね♪ 専門性も高そうだし、いざってときに素早く立ち上げてってのは、なかなか大変そうなのです♪
    新しい感染症が発生してから、水際対策から蔓延期の対策をやりつつ、普通の病気扱いできるように検査方法や治療法を確立してくってことなんだろうけど、いろんな要素があってとても難しそうなのです♪

    な〜んとなくたけど、お医者さんだけ増やしてもだめだろうし、検査する人だけでもだめなんだろうと思うのです♪ かといって、自衛隊とか警察とかみたいに、予め組織を作っておくような性格のものじゃなさそうだし・・・・なんかとっても難しそうなのてす♪
    素人考えだと、自衛隊に対策部隊作って、平時は研究とか海外での医療援助とかすれば良いようにも思うのですが・・・・なかなか難しいんでしょうね♪

  8. evgeny より:

    ケロお様、会計士様
    掲載ありがとうございます、頭が下がります。
    読み返して理解します。

  9. 還暦過ぎたエンジニア より:

    工場の生産能力の考え方
    10工程、各工程が輸送全て込みできっかり1時間とすると、
    一個生産に要する時間は10時間です。
    当然流れ作業的、or 時間をずらして並行してすすめます。
    (手際がいい人を揃えるのは、結構たいへんです。)
    10個生産では、20時間必要。10時間後一個でき、あと1個/時間。
    ある工程で3時間かかる場合、流れ作業であればボトルネックに
    なるためここだけ3つ並行してさばくように工夫して、1個/時間
    をキープ。
    24時間操業で30日なら、最初の9時間は無視し、24個/日x30日=720個
    諸々のトラブル等を考えて、x0.8, x0.9, x0.95 などで計画します。

     病理の検査では、一サンプル一サンプルがオーダーメイド品。
    x0.3, x0.4 になってしまうのは、想像できます。
    工場と違い、オペレーターの神経のすり減り方も大変でしょう。

     今回のように数をこなす場合、
    「一サンプル何時間かかるのか?」
    と聞くのは無意味です。
    「何サンプル/週、さばけるのか?」
    「ボトルネックは何か?」
    です。

    1. ケロお より:

      還暦過ぎたエンジニアさま

      そうです。
      この検査の厄介なところは、受注見込みが全く不明、納期はなる早、追加受注は当然だけどその数は未定、ミスは許されない(やり直せばよいという問題ではない)、というところです。
      効率や計画など検討する余地がないのが、現場泣かせです。

    2. 七味 より:

      還暦過ぎたエンジニア 様
      ケロお 様

      工程の全部をひとつの組織でするわけじゃ無さそうなのが、やっかいそうですね♪
      事務方で、工程と現状を把握して、足りないとこに人やらものを手当てするんだろうけど、現場で動く人だけじゃなくて、そういった人達も足りないんだろうなって思うのです♪

  10. 無言 より:

    ケロお様

    PCRの発明の経緯まで記載して頂き、大変興味深く拝読しました。

    研究所に検体を送るにも冷蔵、長時間かかる場合には冷凍と、送付用のパック等にもお金が掛かりますし、受診側、診療側、検査側含め、各関係者ともコストが掛かりますね。
    財務省の麻生大臣が「財布は何とかする、心配するな、出し惜しみは無しだ」といつもの調子で
    表明できれば、現場の士気を上げ、財務省の日頃の悪いイメージを少しでも上げるチャンスなのですが…。
    これは既に「国難」レベルに突入しつつある事態と思いますので。
    そして些か不謹慎ですが、日本のさまざまな災害や災難に対する総合的な抗甚力・防御力も設備や法、運用体勢まで含めて上げられるチャンスとしていかなくてはいけないと思うのです。

    このまま感染の範囲が拡大していった場合、単身生活者などでは熱が続いてヘロヘロになった状態で相談センターに電話できる体力が残っているかどうか、止むにやまれず救急車というパターンは続出してくるようと予想されます。自力移動できる段階で入院の荷物を持って病院へ行き入院させて貰える、というのができれば良いのですが…。働ける年代の人を自宅療養でそのまま力尽きる、というパターンにしない方策は必要なように思います。

    コロナウイルスの患者(疑い)側からどういう検体が必要なのか、採取と輸送に関するマニュアルが
    ありました。検索ヒット、googleが素晴らしく仕事してる感。
    <2020/01/24更新>2019-nCoV (新型コロナウイルス)感染を疑う患者の検体採取・輸送マニュアル
    https://www.niid.go.jp/niid/images/pathol/pdf/2019-nCoV_200124.pdf
    輸送パックは貸出可能、というがその往復にも時間が掛りますね…。

    1. ケロお より:

      無言さま

      PCR発明の下りは、トリビアの泉のノリで読んでいただけたら嬉しいです。

      ヘーヘーヘー、…..ヘー、ヘー
      「会長どうですか?」
      「もらえるとわかった途端、『もらうよっ!』って即答するのいいね」

      1. 無言 より:

        ケロお様

        マリス氏のエピソードをwikiで見てみましたが、某プロフェッショナル先生どころではないぶっ飛び度でした。国王に「ウチの息子を御宅の姫様の婿にしません?交換条件として領土も1/3下さい」度胸有りすぎです。
        専門的な文章の中にも、こういった面白いエピソードを挟んでいただくと頭の体操になりますし、ありがたいです。

        1. とある福岡市民 より:

          無言様

          > ウチの息子を御宅の姫様の婿にしません?

          そのお姫様はヴィクトリア王太女の事ですね。この方は成人した後で摂食障害の治療を受けるのですが、その時にダニエル・ベストリング氏と知り合いました。この人は平民生まれで、スポーツジムを経営して、ヴィクトリア王太女のトレーナーになります。二人は交際し、結婚を考えるのですが、大反対されました。

           スウェーデン国民に(もちろん両親であるスウェーデン王と王妃にも)。

           ヨーロッパでは平民が王妃になったケースはそこそこあります。日本でも上皇后陛下がそうですね。
           そして王女が即位して女王になるケースも増えてきました。ヨーロッパの女王は現在、英国のエリザベス女王とデンマークのマルグレーテ女王の二人だけですが、30〜50年後には多分女王だらけになります。皮肉にも、その時の英国とデンマークは王でしょうけど。
           ところが、その逆で平民が女王の夫(王配、the Prince Consort)となったケースは存在しません!女王の夫はエディンバラ公を始め、全員が貴族の血をひいてます。

           繰り返します。ヨーロッパで女王は当たり前。平民が王妃になるのも当たり前。
           でも、平民が女王の夫になったケースは存在しません!

           スウェーデンでは国じゅうが非難轟々。ヴィクトリア王太女とダニエル氏が結婚するなら「こんな王制など廃止してしまえ!共和制にしろ!」という意見が絶えませんでした。
           それでも二人の愛を引き裂くのは難しく、二人は反対を押し切って結婚します。それから10年もの間、王太女夫妻は慈善活動を通してスウェーデン国民と触れ合い、結婚への理解を得るように努めます。その甲斐あってか、今は大分支持されてきたようです。跡継ぎの王女も生まれた事ですし、多分、ダニエル氏がヨーロッパ最初の王配になるでしょう。それでもダニエル氏が王配の称号を与えられるかはまだ決まってないとか。

           女性天皇、女系天皇の支持者は、ヨーロッパの王室は男女平等で先進的というイメージを勝手に持っているようです。ところが、そういう人はなぜかスウェーデンのケースを言及しません。知らないのか無視してるのでしょう。
           実際はそう先進的でもなく、歴史と伝統に背く事はなかなか支持されません。新しい事をやるには本人達の地道な努力が欠かせません。女王や平民の王妃を認めるなら、平民の王配も認めなければ不平等なのですけど。

           という訳で、女性天皇、女系天皇の議論をする場合はダニエル氏のケースをスウェーデン国民がなかなか受け入れられなかった事、女帝の夫がとんでもない人物になった時に日本国民が受け入れられるかを踏まえて行った方がいいかな、と私は思うのです。

  11. イーシャ より:

    ケロお 様

    門外漢にもわかりやすいご説明をいただき、大変ありがとうございます。
    現場では疲労が溜まるとミスを誘発し、感染のリスクも大きくなりそうです。
    口先ばかりのマスゴミに文句も言わず、淡々と仕事をしていただいている方々に頭が下がります。

    以下、ハンドルネームに関する雑談です。
    医者 → イーシャ とご想像でしたか。
    由来は、ラジオドラマにもなった小説中の妖怪?の名前です。
    天邪鬼な生き方をしてきたけれど、いずれは世の中の役に立ちたい。
    そんな思いで、この名を使っています。

    1. ケロお より:

      イーシャさま

      岩本隆雄さんのですかね。

      1. イーシャ より:

        ケロお 様

        正解です。
        ちなみに、ブログ管理人としては、2文字長い、小説名の方を使っております。
        岩本先生には了承いただいております。

  12. めがねのおやじ より:

    ケロお様

    すごい詳細な書き方ですね。検査工程がいろいろあるんだろなーと思ってましたが、実際にはそんなレベルじゃなくて、それもボランティアなんて、、。論稿ありがとうございます。理系頭の人には憧れますよ!

    1. ケロお より:

      めがねのおやじさま

      通常業務にイキナリプラスされたのに予算措置は多分来年度と言う意味で、現状ボランティアみたいなものということで。

      国「金はだす!予算は確保されている。しかしっ、今年度、とは言っていない。来年度以降の可能性もありうるっ、ということだ!」

  13. ケロお より:

    クルーズ船対応は、おそらく、感染研、神奈川東京プラス近隣県であたったと推測してますが、市中感染が本格化する前に検査を「やっつけて」しまいたかったのはあると思います。日本がやる義理ないし、各地方自治体も同じです。検査漏れで開放はイカンでしょと思うけど。
    現在都道府県別で、東京に近い確認数の北海道は、3施設での対応ですが、要検査の感染疑い者数は数百人にのぼる可能性があります。逆にいうと積極的に可能な限りの検査を実施しているということです。
    不安なのは未だにゼロの県です。検査体制が整っていないのか、積極的に検査をしてないのでは、と心配になります。

  14. とある福岡市民 より:

    ケロお 様

     とても勉強になる記事をありがとうございました。
     今回はとても難しかったです。わかりやすく書いていただいているのですが、それでも半分くらいしかわかりませんでした。大学でPCR法の実験はやった事がありますが、あんまり覚えてませんのですみません。

     実際に検体を取り出して判定に至るまでが、こんなに大変だとは思いませんでした。しかもお金がかかるかかる。今年度予算が尽きたら追加予算が出るまで研究者の方々が自腹でつなぐケースも出てきそうですね。
     国立感染症研究所や地方の衛生研究所の方々の苦労がしのばれます。本当にお疲れ様です。
     それにしてもマスコミの無知と不勉強と傲慢さには怒りさえ覚えますね。現場を知らないくせに簡単にできるなんて言わないでほしいですね。

     通常、病気は臨床所見で判断するものです。ところがCOVID-19は特徴的な所見が何もありません。特徴がなさ過ぎて現場で診断できないので困ります。武漢や中国との関係を聞く事にも意味がなくなりました。厚生労働省が発表した受診の目安だって風邪やインフルエンザが長引いたら同じようになるし、本当に厄介です。毒性が低く、大半は7日以内に治るのがせめてもの救いです。
     衛生研究所の方々には本当にお世話になります。先は長いでしょうけど、がんばって下さい。
     ただ、患者さんが増えすぎて研究所での検査が限界に達したら、「風邪の症状が7日続き、かつ、肺炎を疑う所見がある人」を一律に入院させ、PCR検査は後日、または退院後に判定する形を取るかもしれません。感染症指定病院だけでなく、一般の病院でも入院させるようになるでしょう。インフルエンザを始め、他の病原体が原因の肺炎の人との間で院内感染が起きてごちゃごちゃになりそうそうですけど仕方ありません。

     Wikipediaを読んだだけなのですが、キャリー・マリスって本当にアレな人ですね(笑)
     キャラはおもしろそうですけど、親戚や同僚だったら嫌だなあ(笑)

     新宿会計士 様

     ありがとうございます。明日も早朝から仕事ですがお待ちしてます。
     でも、秀逸な論考を差し置いて、ってのはハードル上がるのでやめて下さい(笑) 後日でもいいですよ。

    1. とある福岡市民 より:

      訂正します。

      ごちゃごちゃになりそうそう→ ごちゃごちゃになりそう

    2. とある福岡市民 より:

      ケロお 様

      何度も訂正してすみません。すでに研究所の方々が自腹を切ってやってると書いてましたね。生活が困難にならないかが心配です。指定感染症で国が患者さんの入院費を負担してくれるのですから、ついでにPCR検査にかかるお金も国が全部即金で出して欲しいものです。

    3. ケロお より:

      とある福岡市民さま

      個人自腹はコンプラ的にヤバいのでやらないです。
      まず、他の名目の予算から出せないか
      通常運営経費、光熱水料コピー代紙代あたりがどうにか(他の部所から引っ張れないか)ならないか
      所内の事務部局や全体に予備費がないか
      県や市で、他に回す予定だった予備費を回せないか
      などで事務方もてんてこ舞いだし、他の部局も突然予算が消えることもありえます。場合によってはコンプラ的に「限りなく黒に近いグレー」な処理をして、予算が配分されたら「白」にすることになります。でマスコミに嗅ぎつけられて叩かれるまでかデフォですね。

      1. イーシャ より:

        とある福岡市民 様
        ケロお 様

        わりと発信力のある、国防に熱心な国会議員の方に、現場への予算措置をお願いしてみました。
        私のような者の意見を聞いていただけるかどうかはわかりませんが。

        1. イーシャ より:

          国会議員さんのブログの moderate comment に、意見が公開されていました。
          とりあえず第一関門突破です。

      2. とある福岡市民 より:

        ケロお様

        あ、そうでしたか。失礼いたしました。「はいはい、自分のとこで買いますよ」「私の戦闘力は53万です」というのは職場の予算だったのですね。個人の貯金を削ってたのと勘違いしてました。私の読解力は未熟ですね……
        でも、PCR検査のせいで生活費が困難になる事がないとわかって安心しました。先は長いでしょうけどどうかご自愛下さい。

        1. りょうちん より:

          53万ネタはフリーザ様です。
          謝って!はアクア様ネタです。
          きっとケロお様のハンドル名はジャイアントトードから採ったのでしょう。

  15. 泣ける より:

    ケロお さま
    今回もご投稿ありがとうございます

    日本では公的機関に最新鋭の検査機器が揃っておらず
    大変な中で地方衛生研究所の方々がご尽力されていることは分かりました
    ただ、韓国では大量の検査が実施され、感染者が発表されていますが
    検査方法が違うのでしょうか?

    また、財務省主導のプライマリーバランス論を真に受けた政治家達により
    災害対策・疫病対策にも支障をきたしている実態がわかりますね

    多少の費用を要しても最新鋭の機器を装備した民間医療機関の協力を仰ぐ
    または民間開発キット利用が必要と思います

    1. ケロお より:

      泣けるさま
      ハングルわからないので確認する予定はないです。発症者ならウイルス濃度が高いので、もっとかんたんなPCRでいけるとおもいます。
      (未発症者はウイルス濃度が低い可能性が…)
      憶測で言うのもアレなので、まあ、察しましょう。

    2. りょうちん より:

      誤解しやすいですが、国家が旗振って整備するような事業では韓国の方が洗練された制度を持っていることは珍しくありません。
      なにしろお手本(イルボン)のいいところ悪いところを見てやりますからw
      日本の場合、本来、公が整備すべき施設を民が整えてしまって、先行してしまう例が多々あります。
      国の手当てがなかんか来ないので、地方自治体で整備した場合もあるでしょう。

      国立で運営していた組織を民間にしてしまうのには熱心な財務省が、地方自治体や民間の衛生研究所を国立にすることはまず考えられませんが、せめて金ぐらいはよこせと思いますよ。

  16. 原住民 より:

    ケロお 様
    詳細な解説、有り難うございました。RT-PCRのNestedでHotstart、いやはや、、なんとも手間のかかることですね。第1段階のRNA抽出、ウィルスまみれの検体、、気を抜くと感染して検体を採取される側に直行。第2段階の逆転写反応、地味に時間がかかります。ようやく第3段階のPCR、Hotstartなので、多分プレートは使えない、一つ一つのチューブの蓋を開けて、最後の試薬(通常はポリメラーゼ)を添加し蓋を閉めて次のチューブ、、私なら24本が限界ですね、ちんたらやっていると試薬が蒸発してチューブの蓋の裏に水蒸気、、バッファーの組成が狂って、パー。でサイクル開始、超高感度のNested、、下手がやると1発でコンタミして、ネガコン(ただの水)からバンドが出現、下準備(検体と試薬を混ぜる)にも気を抜けません、しかも2回も。
    図1で、ネガコンにもバンドが出ていますので、RealTimeは使えず、電気泳動が必須のようですね、ここもしっかり時間がかかります。まあ一日仕事、術者一人で22検体(ポジコンとネガコンがそれぞれ1つで計24)が相場のように思います。あとは人海戦術、、500人体制でようやく1,100検体、Yealdも100ではないでしょうから、500人がかりで1,000検体/日がいいところと想像します。術者の方には大変ご苦労な作業だと存じます。
    費用のことをおいても、今日本で、あるいは世界中で、検体に向き合って検査をこなしている方々がおられる、、有り難いことだと存じます。
    最後に、この様な現在進行中の事象の背景を共有できること、大変素晴らしいことで、ケロお様とサイト主様には、改めて御礼を申し上げたいと存じます。

  17. 匿名 より:

    ケロお様

    大変為になる記事をありがとうございました。

    正直言ってここまで熱心に解説してくださっても門外漢の私にはPCRの仕組みがよく分かっていませんが、とにかくものすごく手間と時間とお金のかかる検査であることはなんとか理解できました。最前線で作業を続けてくださってる方々には心から感謝します。

    また、かねてより疑問に思っていた「何故検査を民間委託しないのか?」という疑問にもコスパの問題であるという回答が得られました。ありがとうございます。

    その上でまだ解消していない疑問もあります。
    ニュースをみていると、例えば中国、韓国、イタリアなどでは、1日に何千件も検査していて日本よりかなり検査効率がよいように感じるのですが、これは何故なのでしょうか?
    中国はもしかしたら突貫工事のように検査体制を整えたのかな?と思わないでもないですが、日本より人口の少ない韓国やイタリアで公的機関が日本より多いとも思えず、多数の検査ができているのは採算度外視でコスパの悪いという民間委託をやっているからなのでしょうか?

    どなたか教えて下さい。

    1. ケロお より:

      匿名さま

      日本も感染確認数の数10から100倍程度の数をやってると思いますよ。陰性数の合計を発表してないだけです。
      中国は人口12倍いるので、検査する人もたくさんいるのかなと。
      (ほんとにまともに検査してるかどうかの疑いは置いておきます)
      他国は、それだけの数をやれる方法でやっているのだろうとしか推測のしようがないですね。決して日本が体制的にダメなわけではなく、地方研究機関のマンパワーは世界的にも引けを取らないと思います。いかんせん施設がボロいカネがない。

      1. 泣ける より:

        私と匿名さんへのご返信で何となく状況がわかりました
        ありがとうございます

      2. 匿名 より:

        回答ありがとうございます。
        単純な比較は出来ないということですね。

        何人検査して判明した感染者は何人、みたいに報道されたらある程度納得できるのですが、現状だとニュースやSNSで「日本は何をマゴマゴやってるんだ、もっと急いで検査しろ!」みたいな声ばっかり取り上げられていて、現場で頑張ってる人たちに申し訳なく思います。

      3. ぺんた より:

        陰性者数の発表ありますよ。2/11現在ですが
        https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_09690.html

        十分少ないと思いますし、衛生研など以外(民間やその他官庁系機関)をなぜ活用しないのかも理解できません。

        1. ケロお より:

          ぺんたさま

          ありがとうございます。都道府県別で探してばかりいて厚労省そのものを見逃すとはお恥ずかしい限りです。
          まだ余力を残しているように見えますが、県ごとにすると和歌山や北海道が来週ころにはちょっと厳しくなるかもしれません。

          やはり、クルーズ船3000人が余計だった感がすごいですね。神奈川がやったのか東京も手伝ったのか。3000人なら複数箇所×複数回数で数万サンプルに相当するわけなので全く少なくないですね。

          ちなみに民間活用は既に決定済みで、公的機関でやりきれなくなったら民間にもやってもらうようですね。
          https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000121431_00087.html
          https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/dengue_fever_qa_00009.html#Q7
          なお、他官庁系機関ですと文科省・経産省・農水省などですが、報道に上がってないだけで議論にはのっています。国会質疑でやってました。webで確認できるソースが見つからなかったので、投稿内容から省きましたが。

        2. ぺんた より:

          ケロお様

          コメントありがとうございました。
          (2/11は2/21のミスタイプでした、失礼しました)
          民間活用情報ありがとうございました、こちらはフォローできてませんでした。

          私も理系の専門職(化学、但しバイオ系ではない)なので、本文の趣旨は理解します。
          現場は十分頑張っていると思いますし、クルーズ船が余計だったと言う点も同感です。

          私がなんだかなー、と思っているのは、必要サンプル処理能力が不足するのは
          1ヶ月以上前から予期できたのに、なんら事前の対策を講じていなかった
          政治家・官僚の無能さです。
          能力不足になって慌てて体制を整えようとしても遅いでしょう。

          今日の午後のTV(ひるおび!)で都内のお医者さんの情報で、
          重篤な肺炎患者でコロナが強く疑われる症例であるにもかかわらず、
          検査依頼を受けてもらえない状況ということでした。
          厚労省の無能さのツケが現場にしわ寄せとして行っている状況と思います。

        3. ケロお より:

          ぺんたさま

          >私がなんだかなー、と思っているのは、必要サンプル処理能力が不足するのは
          >1ヶ月以上前から予期できたのに、なんら事前の対策を講じていなかった
          >政治家・官僚の無能さです。
          >能力不足になって慌てて体制を整えようとしても遅いでしょう。

          私も同感です。わたしは「日本にしてはよくやってる方」という言い方でポジティブに評価してますが、100点満点60点合格とすると、厚労省への事前期待値は20~30点です。それが40~50点とれているので、ポジティブに評価してます。マスコミには袋叩きですが、新型インフル後に策定したシナリオに沿って実行できているんですよ、実は。
          国内の流行状況を見極めながら徐々に検査体制の拡充をはかっていたという点では、計画通りだったんでしょうが、クルーズ船の登場でてんやわんやでしょう。「検疫」初期の2月6日で3700人中16人発症していたと。3700人なんて、感染疑い1人1サンプル2遺伝子2run、96プレートで150以上。いきなりできるわけがない。そりゃあ10日以上かかるのはしょうがない。
          あんな日本領海内にいるだけでグレーな存在のカジノ船なんか、公海に放り出したかったでしょうね、日本人メインじゃなきゃ。

        4. りょうちん より:

          >厚労省の無能さのツケが現場にしわ寄せとして行っている状況と思います。

          ちょっと読み違えていると思いますよ。
          卓越した有能さを発揮しているわけではなりませんが、指弾されるほどの落ち度があるようには思えません。
          不手際に関しても、まあやむを得ないだろうなあというレベルだと思います。
          最近むかつくのが、米国界隈の発言ですねえ。
          まあ、検疫は日本よりは、うまくやっているようですが、それができたのは日本が貧乏くじを引いて時間稼ぎをしてくれたおかげだろ・・・。
          実際は、チャーター機の写真を見て愕然としましたw。

        5. はにわファクトリー より:

          りょうちんさま

          > チャーター機の写真を見て愕然としましたw

          事実上米軍の一部として機能しているチャーター航空会社ですもんね。グレーな「貨物」をグレーに運ぶ。兵士もしくは工作部隊を民間を装って輸送することも業務のひとつ。もっと早くに引き取りに来い。

          > 最近むかつくのが、米国界隈の発言ですねえ

          病気をアジア人に治してから帰国さればと鷹揚に構えていた。書きたくないですが下船が決まって本当に帰国するかもと分かり、諸外国の黄禍感覚は一度に拡大しました。医療制度も体制も日本とはまるで異なっているアメリカに新しい感染症が持ち込まれたら。貧乏人たちが自分のお気に入りドクターのクリニックに殺到したら。そのように考えが及んで嫌悪感情が精神恐慌へと深化した。大統領選を左右します。水際封じ込めに失敗したら現職再選はなく即死でしょうから。

  18. 阿野煮鱒 より:

    ケロお様、力作の投稿ありがとうございます。
    マニュアル、私なら途中で挫折したでしょう。

    失礼ながら一点だけ本文中の綴りが気になりましたので。

    Polymerase Chine Reaction
    これは
    Polymerase Chain Reaction
    ですよね? 連鎖反応ですから。

    1. ケロお より:

      そうですね、ご指摘ありがとうございます。ご指摘どおり訂正です。

  19. ピークを過ぎたソフトエンジニア より:

    ケロお様

    毎回、参考になる論考をありがとうございます。

    漠然とPCRという方法で検査できるんだなー、という認識が、PCRという大変手間のかかる方法じゃないと検査できないんだ、になりました。手順の難易度はよくわからないですが、こんなステップがあって手間と時間とお金が掛かるんだ、という程度の説明ならできそうです。

    この程度のことしか書けなくて恐縮ですが、今後も色々と教えてください。よろしくお願いいたします。

  20. 農民 より:

    ケロお様
    馬の耳に念仏、おそらく内容をしっかり理解できておりませんが、馬も念仏を理解したいもので、これぞ聞いてみたかった話、という感じです。ありがとうございます。

    平時の災害予算や国防費に近い…というかそれらをさらに追い詰めたような話ですね。しかも無知であればあるほど叩きがちで、叩きやすく、詳細解説はTVなどのメディア向きでは全くない。
    いまだに水際うんたらと周回遅れで啓蒙した気になっているTV番組の古芸人やタレント学者、作家、元厚労省技官などどういう神経で出演してるのやら…日本万歳系の番組が「こんな技術でこんなに頑張ってるからこそなんとか今の状態なんだ」という方向でとりあげたら見直すのですが。

  21. 七味 より:

    wikiだから正確じゃないかもしれないし、そもそも情報が古いから、的外れかもしれないのですが・・・・・・

    緊急時の対応を考えると、40名、4億円の組織じゃ心許ないと思うのです♪

    今回みたいなので24時間営業を前提にする必要があるかどうかはよくわかんないけど、多分、平時は平日昼間の業務を前提に組織が組まれてるんだろうと思うのです♪

    感覚的には、職員の2〜3割くらいが出勤できなくなると、組織としての機能は停止しちゃうように思うけど、地方毎の組織だと、残った人を規模の大きいとこに集めて業務を継続するってのも難しいんだと思うのです♪

    できるとこなら、そこそこの規模の組織が2つか3つくらいあって、ある程度はその中で回せるようにしといて、その上で、いざってときは、そこに人やら資源を集中できるようにしないとダメなんだろうって思うのです♪

    福一のときもそうだったけど、日本のお役所って緊急時の現場の努力を賛美するんだけど、そもそもそうならないで良いように準備するってのが、おなざりになってるように思うのです (´Д`)ハァ…

    以下はウィキからのコピーなのです♪
    >平成20年現在、全国に77の地方衛生研究所があり、うち55が環境研究所との合併型である。また、常勤職員数は都道府県立では平均41.1名、指定都市では36.3名であり、近年減少傾向である。1研究所あたりの予算額は約4億円であり、平成16年と比べて3割減である

    1. ケロお より:

      七味さま

      >常勤職員数は都道府県立では平均41.1名、指定都市では36.3名であり、近年減少傾向である。1研究所あたりの予算額は約4億円であり

      4億円÷40人だと1千万となりますが、もし、人件費込みなら研究員の給与でほぼ消える計算です。年収500万として、その他人件費関連費用です。あとは、施設保全、光熱水費など。研究に使うお金は外部の競争的研究費ですから、強い国研と有力大学が有利です。したがって、単価の低い(年100万程度)研究費に複数応募してしのぎます。

      1. 七味 より:

        ケロお様

        役所関係だと予算額っていうときには職員の給与は含まないのが多いと思います♪
        だから、多分、施設とか機材の維持管理経費、消耗品や旅費、あとは外部に業務の一部を委託する費用なんかが4億円の内訳だと思うのです♪

        予算自体はできるだけ執行残を出さないように、早めかつ計画的に使ってるから、年度末の今、緊急にお金が必要になっても工面は難しいんだと思うのです♪

        残額集めて、科目移動させて、契約して・・・・ちっちゃな組織だと、それだけでパンクしちゃうのです♪

        1. ケロお より:

          七味さま

          >役所関係だと予算額っていうときには職員の給与は含まないのが多いと思います♪

          まあ、そうだと思います。なので「もし」と。通常、県や市の職員扱いなので研究費扱いにならない人件費ですね。
          多分、元データはコレですね。
          https://www.mhlw.go.jp/stf2/shingi2/2r9852000000g3yx-att/2r9852000000g5sy.pdf
          アンケートの質問の仕方が不明なのでちょっと正確なところはわからないのですけどね。

          ただ、非正規職員(いわゆる試験管洗い・培地作成のパートさん)人件費はその数字に入ります。県の直接雇用ではなく各研究施設ごと雇用というケースが多いと思います。年103万その他ちょいちょい。研究職員ひとりに非正規補助員ひとりをつけるのもちょっと厳しいという状況ですね。
          民間とか競争的資金込みっぽいので、県から降りてくる額自体は、ご指摘のように施設機器維持管理等で大部分消える感じですね。
          執行予定の旅費を取り消したり(学会とかに行くのを中止)して捻出というやり方なら、そこそこまとまった額がひねりだせますかね。ちょうど中止になっている学会続出ですから。なんで中止になったんだろう(棒読み)。

      2. 七味 より:

        ケロお様

        役所関係だと予算額っていうときには職員の給与は含まないことが多いと思うのですが、研究所とかは普通とは違うかもなのです♪
        4億円に職員の給与を含まないとしても、施設とか機材の維持管理経費、消耗品や旅費、あとは外部に業務の一部を委託する費用なんかが必要だろうし、4億円だと結構厳しいんじゃないかなって思うのです♪

        それで、予算自体はできるだけ執行残を出さないように、早めかつ計画的に使ってるだろうから、年度末の今頃に緊急にお金が必要になっても工面は難しいんだと思うのです♪

        残額集めて、科目移動させて、契約して・・・・ちっちゃな組織だと、それだけでパンクしちゃうのです♪

        こういうときは、国とか県とかが、それぞれの研究所に検査を割り振って、物とか輸送の手配なんかもまとめてやるんだろうけど、研究所が77もあって、それぞれの受け入れ能力も異なるだろうから、とっても大変そうなのです♪

  22. 伊江太 より:

    ケロお様

    かつて同じような作業をやっていた経験があるので,興味深く読ませていただきました.検査が目的ではなく,時折,検体数はせいぜい3つ以下程度のことだったのですが,ともかく一番手間がかかるのが前処理の段階で,これはやったことがある人でないと盲点になるでしょう.ちょっと?だった点が,検査室でRNAを処理する際クラスⅡレベルのセーフティキャビネット内での作業が必須という記述で,わたしの場合は生きているウイルスが含まれる血液からRNAを回収するという結構ヤバい作業だったので,この装備を使っていたのはもちろんなんですが,今回の検体も単に生理食塩水に含ませるくらいの感染性がある状態で検査機関の送られてるんでしょうか.界面活性剤やタンパク分解酵素などを含んだ溶液なら,そこまで危険性を考慮する必要はないのではと思うのですが.

    本文を読ませていただいて衝撃的?だったのが,なんだ8年以上も前に自分がやってた手順のマンマじゃないか!という事実でした.厚労大臣が一日3000検体まで処理能力が上がったと言ってたので,これはまさかのまさかです.特異DNAでコートした吸着ビースを使うなどのやり方で多数の検体を自動的に前処理するくらいのことはできるのだろうとなんとなく思っていたもので.こういう状態なら,多数の人口を対象にウイルス感染を調べる際の定法,血中抗体の有無を一次検査でスクリーニングし,確定検査をPCRでやるという形にならない限り,感染の現状を掴むのは当面無理ということですね.当然IgM抗体のスクリーニングキットの開発なんかは現在進行中はずですから,まもなく供用されると思いたいところですね.

    1. ケロお より:

      伊江太さま

      現在の検査は、発症者の確定診断、未発症者の感染有無、確認済み発症患者および未発症感染確認者の経過観察の3つを並行してやっていると思われます。
      血中抗体濃度が上がるのは、発症者だけの可能性もありえます。未発症ではまだ抗体価が低いかもしれませんから。そして、ウイルス量の減少により非検出になった人を無罪放免にするにも、ウイルスの高感度検出であるPCRでやるしかないです。抗体は治癒後も人体を防御するため残存しますので。
      当面は、ウイルスタンパクを特異抗体で検出するイムノクロマトの開発まちということになります。最短数ヶ月ですね。

  23. ポプラン より:

    ケロお様
    新宿会計士様
    PCR法の詳細な説明ありがとうございました。
    高須さんの一世代下の私にはPCR法は外注検査提出するものでしかなく
    とある福岡市民様のように実習経験もないので勉強になりました。
    今日は朝から休日診療所の外科系バックベッドで出勤です。
    整形外科と内科の病院なのですが、先週末から対策レベルを上げて院内業務が煩雑です。

    お!看護師から受け入れ依頼。
    膠原病患者の圧迫骨折で免疫抑制剤使用中で37度台の発熱あり。
    なんか嫌な感じ。
    呉の海軍工廠でグラマンの機銃掃射から隣で走って逃げてたら友達がスイカになっていたとか。
    比治山の陸軍防空壕で8月6日の午前8時15分を迎えるとか。
    そこまで危ないわけではありませんが、義父(オヤジ)さん守ってくださいよ。
    今後もよろしくお願いします。

    1. とある福岡市民 より:

      ポプラン先生

      先日は失礼いたしました。
      朝からお疲れ様です。お体を大切にしながらお仕事がんばって下さい。
      お義父様も凄まじい体験をなさっておられたのですね。

      私も仕事ですが、今日は日直なのでのんびりできてます。明日は早朝から遠出の仕事です。

      1. ポプラン より:

        とある福岡市民先生
        お久しぶりです、先生の論考楽しみにしています。
        はい、義父は以降死ぬまでスイカを食べませんでした。
        また比治山防空壕にしばらく埋められていたのは隠していました。
        被爆者援護法ができた頃、軍人になりたくて警察予備隊から海自に
        在籍していたからです。
        入隊前の愚連隊時代に、家族を守るためとはいえ側頭動脈を家祖伝来の日本刀
        で切った相手が生きているのか気にしていました。
        僕は、軍人として人を殺さないで済んだ幸せな軍人だったと思っています。

        1. とある福岡市民 より:

          ポプラン 先生

           おすすめしたい本がございますが、いかがでしょうか?創作作品ではありますけれども。

          マンガ「この世界の片隅に」 双葉社 こうの史代・作

           大学時代に見つけた作品で、私の一番好きなマンガです。昭和18〜21年の呉市に暮らす主婦・北條すずの日常生活を描いたもので、背景も含めた手描きの絵がほのぼのとしていて癒されます。呉在住だったこうの先生のおばあさま、呉鎮守府の録事を務めた親戚、離婚して幼い息子と引き裂かれた縁戚の方の体験をベースに、長谷川町子、水木しげる、暮しの手帳社刊・「戦時中の暮しの記録」のエピソードを取り入れた作品です。墨汁や口紅、左手で原稿を書くなど実験的な試みもされてます。
           この作品の方針を巡って双葉社と対立し、こうの先生は何年も連載を失う事になるのですが、私はこうの先生が描きたかった戦時下に生きる人達の姿を知りたかったのでとても好きです。

          小説「八月の青い蝶」 集英社 周防柳・作

           就職してから見つけた小説です。周防柳さんは当時新人の作家さんだったのですが、新人離れした圧倒的な文章力とストーリー構成の巧さにショックを受け、読みながら全身ががたがた震えた事を覚えてます。
           あ、ホラーではありませんよ。あらすじの要約はAmazonの解説がわかりやすいのでぜひどうぞ。後半については賛否両論があるようです。
           主人公のモデルとなったのは周防さんのお父様ですが、生前は若い時の話を家族の誰にも語らなかったそうです。ですから作品は周防さんの取材とイメージで作った100%フィクションですが、いろいろと考えさせられる深いものでした。後半については賛否両論があるようですね。

           お忙しいとは思いますが、もしお時間がございましたら手に取っていただけますと幸いです。特にこうの先生の絵は疲れた時に癒されます。

        2. ポプラン より:

          とある福岡市民先生
          ご紹介ありがとうございます。
          「この世界の片隅に」は映画が話題になった時に購入して読んでおります。
          また読み直してみたくなりました。
          「八月の青い蝶」は知りませんでした。
          随分酷い評価もありますね。今アマゾンで購入したので読んでみます。
          広島は以前手の外科学会で歩きました。ちょっと不思議な能力のある自分
          にはしんどい街です。
          妻の両親は二人とも広島で彼らの物語は、8月6日に大きく変わっています。
          御承知と思いますが、米軍はパンプキンと言われた模擬爆弾をいくつか
          落としています。
          子供のころ、函館出身の母から自宅至近の五稜郭付近に異常に大きな爆弾が
          落とされた話を聞いていました。
          有視界飛行での爆撃に、五角形の城郭は広島のT字型の橋と同様に良い目標
          だったのでしょう。
          アメリカ首脳部の考え方によっては、ソ連に原爆の威力を見せるために
          平地での効果を広島の代わりに旭川で
          起伏のある地形での効果を長崎の代わりに函館で
          というIFを今は亡き作家佐藤大輔が征途で書いたときは驚きました。
          五稜郭近くに住んでいた母が爆心地で消滅しているかもしれないし、
          女学校の動員先で生き残ったかもしれない。
          現在ならコロナウィルス感染者が5分前にウィルスの付いた手で触った
          吊り革の隣を今触ったかもしれない。
          いくつものIFの繰り返しの積み重ねの上に生きているだけなのに、
          いやだからこそ自分の不安を大きな声で責任を持つ他人に押し付ける態度は
          見ていて疲れます。
          取り留めないことを、緊張した状況で書いてしまいました。

  24. この記事は本当に有用で,私のブログでも紹介させていただきましたので 御礼申し上げます.

    しらねのぞるばの暴言ブログ
    https://shiranenozorba.com/

    私のブログは 本来 糖尿病関係で 医学論文の紹介などしておりますが,新型コロナウイルスについて,非常に重要なことなのに 日本のメディアではまったく報道されていないことから,Lancet,NEJMなど 医学専門誌の関連記事を紹介してきました.

    https://shiranenozorba.com/2020_02_01_wuhan-corona-virus-clinical-report/
    https://shiranenozorba.com/2020_02_17_wuhan-corona-virus-clinical-report2/
    https://shiranenozorba.com/2020_02_18_wuhan-corona-virus-clinical-report3/
    https://shiranenozorba.com/2020_02_19_wuhan-corona-virus-clinical-report4/
    https://shiranenozorba.com/2020_02_20_wuhan-corona-virus-clinical-report5/

    「ケロお」様にも 厚く御礼申し上げます.

    1. ケロお より:

      しらねのぞるばさま

      こちらこそ、ありがたうございます!
      ブログ拝見しました。いくつか興味を引く記事がありましたので後ほど拝読させていただきます。

    2. とある福岡市民 より:

      しらねのぞるば 先生
      ありがとうございます。とても勉強になります。
      COVID-19に特徴的な所見が少なくて困ってましたのでとても勉強になります。
      「肺炎→胸部CTで肺のすりガラス陰影」の前に「リンパ球減少症→キラーT細胞活性→肺炎」ですね。知り合いにも紹介してみます。

    3. 伊江太 より:

      しらねのぞるば様

      ご紹介いただいた論文で見ると,肝機能異常がむしろ肺炎症状に先行している様に見えます.
      やはり全身感染タイプの疾患なんでしょうか.

      1. その後,BMJ,NEJMなどにも いくつか臨床観察例が報告されているのですが,いずれも少数例です. というのも,なにしろ現場はまだ大混乱のようで,感染時点と発症時点を特定できないことが多いようです. したがって,初期所見を感染時点で揃えて整理できていないからだと思います.

        > 肝機能異常がむしろ肺炎症状に先行している

        ご紹介した例では それも認められます.
        また 上海からドイツへのフライト中に感染した中国人女性は,症状顕在化の前に 微熱感,わずかな筋肉痛から始まり,全身疲労 → 急な発熱 → 入院となりましたが,この経緯からすると,広範な全身炎症が最初に発生するとも考えられます.

        日本国内での発症例もかなりの数になってきましたが,日本ではまだ医療現場は崩壊していないのですから,こういった症例を冷静に分析して,全国の病院に流しているのでしょうか?

  25. 立ち寄り人 より:

    毎日の更新お疲れ様です。公開されたマニュアルがあるとは知らず非常に参考になります。ありがとうございます。マスゴミ情報は料理番組の様に経過を省略し過ぎて最期の仕上がり紹介?全然安心感ないわです。

  26. りょうちん より:

    いや、まだ素人たるマスゴミの人たちが、「なんでそんなに件数こなせないん!」だとかいうのはまだ理解できるんですが、ピペド(ちなみに投稿でこの用語を使ったら検閲されたw)らしき半可通が「できらぁ!」とか大言壮語を書き込んだのは痛かったですよねえ。
    実験系と臨床でのPCRの違いを理解できていなかったんでしょうかね。

    1. ケロお より:

      りょうちんさま

      ピペド出身社畜以下の身としては、「多検体処理ができないモノはピペドにあらず」と思います。
      まあ、学生さんなんでしょう。卒論の修羅場程度は修羅場でもなんでも無い日常業務なんですよね、実際は。

      「96サンプルくらいPCRできるって言ってるんだよ!」
      2遺伝子各2PCRだよ。
      「で、できらぁ!」
      被検査者1人に原則2サンプルで複数回サンプリングだ。それと、ダイレクトPCRなどではなくRNA抽出から。当然泳動まで終えて報告書も出してもらおう。
      「くっ!」

      うん!様式美ですな。
      よくわからない人は「同じ値段でステーキ」または「できらぁ」で検索です。

  27. 老害 より:

    ケロお さま

    内情が窺える考察をありがとうございました。
    役所がらみの予算の決め方・使い方には昔から批判が多いようです。こういった時こそ政治家の出番なのですが、及び腰だったり人気取りに走ったりで、有能な人が不足しているのですかね。

    ゴジラの時の「巨大不明生物特設災害対策本部」みたいに、有能プロ集団にフリーハンドで予算使わせてみたいのですが、これって空想の世界だけでしか無理なのでしょうか?
    今後も発生するであろう新種のウィルス対策を見据えて、無駄になってもいいから臨時予算を湯水のごとく注ぎ、防疫体制のひな型を作るなんてできませんかね。(素人には先が読めません)

    1. ケロお より:

      老害さま

      >ゴジラの時の「巨大不明生物特設災害対策本部」みたいに、有能プロ集団にフリーハンドで予算使わせてみたいのですが、これって空想の世界だけでしか無理なのでしょうか?

      今回は「極小不明感染体特設災害対策本部」ですかね。
      残念ながら、個々人が有能なのにチームにしたら無能になることもよくあることなので、なんとも言えないですね。チームリーダーがよほどの傑物でないと即席チームは機能しにくいでしょう。国研は当然優秀な人が多いですが、地方研はむしろ優秀というより一芸に秀でた人がいたり現場に強かったりと、うまいこと歯車が噛み合えば強いチームができる可能性はありますね。
      もっとも、平時から、有事即応可能なシステムを構築維持しておくのが肝要だと思います。地方研のフル活用はいいことだとは思います。予備費をすばやく配分できてれば言うことないです。平時から国費で組織(ヒト・ハコ・カネ)を維持するサポートを積極的にしていただければもっといいのですが。

  28. 老害 より:

    ケロお さま

    コメントありがとうございます。
    確かに、「極小不明感染体特設災害対策本部」になりますね。

    〉チームリーダーがよほどの傑物でないと即席チームは機能しにくいでしょう。

    これはよく分かります。有能な人ほど癖が強くて、一括りにされるのを嫌がりますね。まとめ役の苦労は大変です。でも、今回はそれができる人が(まとめ役として)欲しい。

    〉もっとも、平時から、有事即応可能なシステムを構築維持しておくのが肝要だと思います。

    これ、本当に仰る通りです。
    将来首相になるつもりの政治家には、是非システム構築に尽力してほしいです。そして、それを国民にアピールしてほしい。そうすれば、(安全より安心の方でですが)国民もすぐに落ち着くと思います。

    有事にオタオタするような人物には、首相になるなんて野望を抱いてほしくないです。

    1. 老害 より:

      ケロお さま

      別のところに返信してしまいました。
      ごめんなさい。

  29. 名無Uさん より:

    ケロお様、ありがとうございます。
    平易に述べられていることがわかりますが、内容の半分も理解できていない自分を恥じております。
    ただ、日本には縁の下の力持ちと言える存在が数えきれないほど多くいらっしゃることが、ヒシヒシと伝わって来ました。
    どのような厳しい状況になろうとも、社会が倒れないように支える人々が大勢いることを改めて確認しました。
    どうしてこんな日本に対して、容易に『絶望している』などと言えるのでしょう?
    大きな勇気をいただきましたことを感謝申し上げます。

  30. 名無し より:

    地方衛生研究所でウイルス検査を担当しているものです
    最近、テレビをつければ地衛研を叩く内容ばかりで
    辟易してました
    投稿者様には救われます
    少しでも理解が広がれば私も嬉しいです
    必要であれば記事も書きたいですね

    1. 匿名 より:

      一国民として感謝申し上げます。
      ありがとうございます。

      本記事への補足などありましたら是非お聞かせいただきたいです。

      1. 名無し より:

        匿名様

        コメントありがとうございます。
        現場としては、その気持ちありがたいです。
        当事者としては、現場を全く理解してない人たちが
        上空で罵詈雑言を飛ばしあっているような感覚です。
        ですので、こちらの事を考えていただける方が
        いるだけで嬉しいです。

    2. ケロお より:

      名無しさま

      >地方衛生研究所でウイルス検査を担当しているものです

      中の人登場ですね!
      配布された試薬が、プライマーだけ説が正しいか気になります。あと、タックマンプローブは配布されたかどうかですね。

      1. 名無し より:

        ケロお様

        ご質問ありがとうございます。
        私の勤めてる衛生研究所では、
        それぞれ担当する病原体が別れております。

        私はコロナの担当ではないため、
        コロナ検査の当番はこなしておりますが、
        コロナの試薬を受け取った訳ではありません。
        ですので、担当者から「こうだった」と聞いた
        記憶はありますがそうだと断定はできないのをご了承ください。

        私の記憶では、感染研から送られてきたのは
        プライマー
        プローブ
        そしてポジティブコントロール(以下PC)です。

        PCというのは、正しく検査ができていれば、
        確実に陽性になることが分かっているサンプルです。
        具体的には、人工的に合成した
        コロナウイルスと同一の配列である遺伝子断片です。

        プライマーとプローブは送られてきましたが、
        現在の検査件数ではすぐに使い切ってしまう量でした。
        現在はそれぞれの衛生研究所で注文して
        分量を確保していると聞いております。

    3. 新宿会計士 より:

      名無し 様

      当ウェブサイトを管理している「新宿会計士」という者です。
      まずは日々の業務、一国民として心より感謝申し上げます。
      是非、業務に当たっては、ご体調にはくれぐれもご留意を賜りますと幸いです。
      引き続き当ウェブサイトのご愛読とお気軽なコメントを賜りますよう、何卒よろしくお願い申し上げます。

      1. 名無し より:

        新宿会計士様

        お気遣いありがとうございます。
        みなさんのような人がいることだけで、
        我々にとって力になります。

        私はコロナ検査の直接担当者ではありませんが、
        担当者はもう2週間以上休みを取れておりません。
        しかし世間には心ない声が多いので、
        私は心痛いです。

        まだ記事を書くと決めた訳ではないですが、
        書くにはどのようにしたら良いのでしょうか。
        また、書くとしてどのような事を皆さんは
        知りたいのでしょうか。

    4. 匿名 より:

      うつ

  31. りちゃ より:

    ケロお様価値ある記事ありがとうございます。

    中国では新型コロナウイルスに感染した人が7万7000人に上り
    みたいなニュースみますが、あれはひょっとして風邪っぽいものは全てコロナで計上しているのかもしれませんね。

    超大混乱なのにPCRしてるとは思えない

    1. ケロお より:

      りちゃさま

      CTでのウイルス性肺炎診断もカウントしてるそうです。
      一日で1万以上感染者数が上がった日からです。まあ、今の中国でウイルス性肺炎ならSARS-CoV-2が犯人で、統計的には問題ないということだと。

  32. 匿名 より:

    BSフジ・加藤厚労相生出演。
    「現時点では試薬は十分供給できている。」

    だそうです・・・

  33. りょうちん より:

    バカッターの典型例を晒しておきます。

    https://twitter.com/napolino_napoli/status/1231164675494047745

    >いま厚労省のHP見ました。
    >驚くべきことに、今までPCR検査を実施した人数は1,522人。これ、一日じゃなくて累計ですよ?

    ダイアモンドプリンセス号の存在をすっかり忘れている模様。
    延べ件数と人数の関係の算数も理解できないのでしょうw

    1. bigben より:

      りょうちん様

      厚労省発表でもダイヤモンド・プリンセス含めて21日時点で、1,522人です。

      https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_09690.html

      一日あたり検査人数推移は100人弱で、これは上記ケロお様の推定通りかと思います。これが現状の日本の限界というところでしょうか。

      1. 定年碁打ち より:

        bigben様

        厚労省の発表で、2月23日分で

        「 2月19日から2月21日の間に検体採取を実施し、結果が判明したPCR検査は以下の通りです。
        1)乗員  結果が判明した819検体のうち、55検体の陽性
        (うち無症状病原体保有者50検体)が確認されてます。

        2)乗客 結果が判明した12検体のうち、2検体の陽性
        (うち無症状病原体保有者2検体)が確認されています。
        」とあります。

        ダイ・プリは、りょうちん様のコメントのように扱われているようですね。

  34. りょうちん より:

    中の人らしき書き込みを見つけました。

    https://anond.hatelabo.jp/20200223013119
    なぜ新型コロナの検査件数が少ないか担当職員から

    コメントの「匿名で書くのは卑怯」とか書いたヤツをブッコロがしてやりたいわ。

  35. bigben より:

    ケロお様

    実務経験の豊富な専門家の方からの詳細な解説ありがとうございます。
    当方理系ではありますが生物系は疎く、学生実験で電気泳動やったなぁぐらいの知識しかありませんが、それでも大変興味深い内容でした。
    他の方も指摘されていますが未知のウィルスともなると検査そのものがワンオフモデルのようになってしまうのですね。ただですら複雑な検査に研究機関の予算削減が合わさってひどい状態になっている。それはお偉方は認めないでしょうね……

    ところでPCR検査が保険適用になりコスト的に厳しかった民間の検査機関がより使いやすくなるのではと愚行しますが、民間ですと検査速度が格段に上がるということはあるのでしょうか?
    マスメディアでは1社で1000件/日も可能ということのようですが、これだけ複雑な検査ならば、民間に出しても現状とさして変わらないような気もしますが。

  36. れれれのれ より:

    韓国、相当な件数のPCR検査をやっているらしき報道ですが、
    韓国で行われているSARS-CoV-2のPCRと日本で行われているPCR検査は手順とか所要時間とか同じなのかな??と思って色々ググっていてこちらの記事に辿りつきました。
    日本におけるSARS-CoV-2のRT-PCR検査の解説、ありがとうございます!

    韓国での検査に関してググったところ、以下の記事がひっかかりました。

    http://news.mk.co.kr/v2/economy/view.php?year=2020&no=188174

    初期は「コロナウイルスかどうかをまず確認した後、陽性が出れば、他のコロナウイルスと比較する方式である。 SARSやMERSなど既知のコロナウイルス6種と対照した後、一致するウイルスが存在しない場合、コロナ19で判定した。 2段階の手順を経なければならず結果が出るまでに1〜2日ほど時間がかかった。」
    が、
    現在は韓国のバイオテック企業数社がそれぞれ40分、4時間、6時間で結果が出る診断キットを開発し国が緊急で認可した結果、迅速に検査可能になった・・というような内容のようです。

    「コジェンバイオテックの「パワーチェック2019-nCoV」だ。 医療機関で感染疑い者の痰のウイルスから抽出した核酸に試薬を入れて増幅させた後の陽性反応するかどうかを確認する。

    シージェンの「オールフレックス2019-nCoV Assay」は、2月7日、欧州CE認証を受けたのに続き、12日食薬処の緊急使用の承認を獲得した。 コロナ19を診断するために必要な遺伝子の3つをすべて検出することができ、精度が優れていることが特徴である。 検査時間も4時間以内に短縮した。

    ピーシーエルが開発した「多重診断キット」は、コロナ19を含めて、SARSやmersなど人獣共通感染症を診断することができる複数の迅速検出システムである。 検査時間は6時間であり、1回の検査で確定が可能である。

    ジンシステムは、検査機器や診断キットを一つに統合した診断装置を開発した。 重量3.2㎏の小型機器に診断キットが装着されており、現場で簡単に活用することができていることが特徴である。 重量が大幅に減っただけでなく、検査時間も40分に過ぎず、空港、港湾、複数の密集施設など様々な場所で迅速にコロナ19感染を確認することができる。」
    のだそうです。

    これらの「診断キット」、感度とか特異度とか・・どうなんですかね。

    1. 海コン より:

      韓国で緊急認可されている検査機器や検査キットが、日本の法律に適うかどうかから判断しなきゃいけませんよね。使用する試薬レベルから。材料が高品質で認められている規準で製造していないと、違う型のウィルスも(例えばヘルペス←ものもらい)「新型コロナちゃんです(どや!)」と誤判定される可能性が高くなるのではと危惧します。彼の国は平気でそういうのを作りそうです。警戒が必要かなと妄想するところです。(※個人の妄想です)
      妄想吸いません。

  37. 匿名 より:

    タイポ(と思われる個所の)報告。

    ”下処理が面倒なサンプルだと数時間余命にかかるし、”

    余命→余計?

    ”お品書きがないなくてもたいてい松竹梅の3コース、”

    ないなくても→削りミス?

  38. こんとん より:

    他サイト経由ですが、「感染対策のプロである聖路加国際病院、QIセンター感染管理室マネジャーの坂本史衣さん」が「なぜ医師は検査をしてくれないのか、そもそもその検査に意味はあるのか」について回答している記事を見つけたので転載しておきます。

    当サイトの読者様にはほぼ読者投稿にて紹介され、理解している内容だと思いますが、
    自論の補強材料となれば幸いです

    https://www.buzzfeed.com/jp/naokoiwanaga/covid-19-sakamoto

  39. 匿名 より:

    とりあえず工数のイメージにどうぞ

    「PCR検査」の実情と限界…新型コロナ拡大防止へ[2020/02/17 19:43]
    https://news.tv-asahi.co.jp/news_society/articles/000176498.html

  40. りょうちん より:

    https://www.jijitsu.net/entry/PCR-coronavirus
    新型コロナウイルスの検査(PCR検査)をしてくれない、なぜ拒否するのかの理由

    いやホントこの人の理解力、まとめ能力すごすぎでしょ。

  41. りょうちん より:

    PCR法の復習をしようとこんなサイトを眺めていたんです。

    https://www.aandt.co.jp/jpn/tree/vol_12.htm
    12. これからPCR検査を始めたい方への基礎知識

    https://www.aandt.co.jp/jpn/tree/vol_13_1.htm
    13-1. いまさら、でも大切な『遺伝子検査』の基礎をふり返る(PCR)

    https://www.aandt.co.jp/jpn/tree/vol_13_2.htm
    13-2. いまさら、でも大切な『遺伝子検査』の基礎をふり返る(PCR)

    通読して、思ったんですが、あれ?これ・・・別に何か資格がいる検査じゃないんじゃとか思いました。
    昔はRI使っててたんで、当時既に医師免許のあった大学院生の私ですらRI講習で資格取得をさせられたんですが蛍光法になったら特殊な資格は要らないですよね。
    だからといって誰でも簡単にできるというものではないのは、重々わかっていますが。

    バイト先の病院で臨床検査技師がMRIを操作していてビックリしたことがあります。
    なんでも臨床検査が自動化されて人員が余ったので、放射線を使わないMRIに回されたんだとかw
    保険診療上の検査なら臨床検査技師の資格とか必要なのかもしれませんがラボ内では要らないですよね。

    必要な機材・薬品もプライマー以外は、アスクル・モノタロウで発注できたりして、自宅で「太陽を盗んだ男」風のラボを作っちゃうのもできそうな時代・・・。

    1. ポプラン より:

      りょうちん先生

      >自宅で「太陽を盗んだ男」風のラボ
      というのは、製作過程というよりは検査過程で被曝ならぬ感染する
      という暗喩ですか?
      できたら新宿のアパートでなく代々木の某党本部辺りでお願いします。

    2. たま より:

      はい、特に資格は何も必要無いです。

      かつてはシーケンシングやノーザン検出などでRI標識をしてましたが、
      20年前くらいから蛍光標識する方法が導入され、いまはほぼ置き換わってます。
      私もそうなのですが、今ではRI未経験者のほうが普通かと。

  42. こんばんは

    昨今のPCRにまつわる騒動や、さまざまな“専門家”の発言や、マスコミ報道等に胸を痛めていた人間(元プロ)です。こちらを拝読すると三週遅れのように感じますが、期間限定のブログを立ち上げました。こちらの記事も紹介させていただきました。まだ、内容が薄いですが、よろしければ、みなさまご一読ください。

※【重要】ご注意:他サイトの文章の全文引用はお控えください!発見次第、削除します。

コメントに際しては当ウェブサイトのポリシーのページなどの注意点を踏まえたうえで、ご自由になさってください。また、メールアドレス、URLの入力は必要ありません(メールアドレスは開示されません)。なお、原則として頂いたコメントには個別に返信いたしませんが、必ず目を通しておりますし、本文で取り上げることもございます。是非、お気軽なコメントを賜りますと幸いです。

コメントを残す

メールアドレスが公開されることはありません。